Повече от 40 години Вера Мутафчиева е работила в БАН – в Института по история, по балканистика, литературния и демографския, и напуска академията през 1996 г. като неин заместник-председател. Става шеф на Агенцията за българите в чужбина. От 2004-та е академик, но мрази да се обръщат така към нея: „Оставете! Кому съм академик аз“, пита жената, пословична със своя инатлив работохолизъм и амбиция, качества, наследени и възпитани от баща й -знаковия византолог, но забраняван след 9 септември 1944 г., автор на „История на българския народ“ проф. Петър Мутафчиев, заради когото пътят на двете му деца е стръмен и изпълнен с много капани. „Характерец!“, казва за себе си Вера Мутафчиева. „То си личи от снимките ми още от втората-третата година: двурого чело, свити вежди, стиснати устни и нещо бабаитско в позата -„дете-катастрофа“ – така я наричали родителите й. „От 11- до 14-годишна възраст бях някаква енергийна централа, бяс и кърджалийство, споделя писателката и разказва, че за да оживее след тиф през годините на войната, след нарочно чупения й крак, за да не остане саката, а в зряла възраст заради рядко срещана кожна болест, когато й дават 6 месеца живот, я спасява закалката, генетично заложена в семейството на софийски интелектуалци, които говорят с природата…Днешната госпожа академик чете сама още преди да тръгне на училище. Чрез уроци, но главно чрез книги и списания, научава френски, немски и тайно от родителите си и италиански. „Уверена бях, че съм предназначена за необичайни дела, за страшно интересно бъдеще – то така и излезе, но с обратен знак.“ И си спомня, че за приятелите й в детството, почти без изключения момчета, било естествено, че „не е съвсем момиче, а тартор“. „Случеше ли се състезанието да премине в бой, биех се наравно, без да търся подкрепата им… Печелех точки, отхвърлила навреме предразсъдъка, че съм длъжна да изглеждам безпомощна.“ След време филмовият критик Иван Стоянович със симпатия нарече бъдещата учена жена „проклятие“, но от тия, които преобръщат света и живота си наопаки и най-напред личния си -два развода, с две близначки от първия съпруг, родени през 1954 година, едната от които преди години се самоуби на 30, а другата има семейство и живее в София. Свободният статут на известната писателка и научен работник често е причина да спрягат Мутафчиева за любовница на този и онзи, но една от истинските й големи любови е публицистът Владимир Найденов, за кратко гл. редактор на „Народна култура“. Заради тази връзка мнозина колеги и моралисти я заклеймиха: „Как може, човекът е женен!“ Тя пък седна и описа историята в романа си „Белот за две ръце“. След време Иван Андонов направи филм по него.
Днес 80-годишната академик Вера Мутафчиева споделя, че страда от старческа болест (хипертония) и въпреки че професорската пенсия след 51 години трудов стаж й стига за лекарства, „не иска да оздравява“. Вероятно мнозина помнят скандала, който някога се развихри около един от най-мащабните български филми „Аспарух“, чийто сценарист е Вера Мутафчиева. „Духът на филма трябва да бъде варварски“, категорична е тя и не отстъпва нито с нищо, но тъй като нейната концепция рязко се отличава от тази на режисьора Вили Цанков, той е сменен с Людмил Стайков, но отново между нея и режисьора се стига почти до бой. Очевидци разказват, че в спора за някои от епизодите и визията на хан Аспарух Мутафчиева и Стайков се хванали за гушите. В един момент даже Вера на висок тон изкоментирала, че Стойко Пеев бил гримирай като дебил и нямал нищо общо със страховитите прабългари. Людмил не издържал и я изгонил от снимачната площадка. Изпъдената, твърде честолюбива Мутафчиева отишла да се жалва в ЦК, дори заплашила, че ако Стайков не й се извини, ще оттегли своя сценарий. Режисьорът също тропнал на снимачната площадка и вдигнал шум до Бога. Той казал, че Вера саботира работата му. След всичко случващо се в Комитета за култура се подплашили и поканили на „дружеско събеседване“ целия творчески екип на филма. Почти всички застанали зад режисьора си, но неочаквано Стойко Пеев се изказал в подкрепа на Вера Мутафчиева. Чашата преляла и Стайков афектирано съобщил, че ще уволни Пеев и ще вземе Велко Кънев за ролята на хан Аспарух. Тези от Комитета за култура влезли в ролята на умиротворители и накарали Стайков да преснима някои от епизодите по изискванията на сценаристката. а на нея препоръчали да не се бърка повече в творческата работа на Стайков. В крайна сметка снимачният период бил завършен, но сценарист, режисьор и главен изпълнител били изпокарани тотално. Даже на премиерата на филма не си стиснали ръцете. Вера Мутафчиева е носителка на всякакви награди и отличия, почетоха я и с орден „Стара планина“ – I степен, които тя сякаш приема с не особен ентусиазъм, а може би и с безразличие, същото, с което отмина съобщението на Комисията по досиетата, че е била агент на Държавна сигурност. „Не коментирам, но вече нищо не може да ме изненада. В объркания ни свят какво ли не се случва, или както казваше баба ми: „Що ли не видохме?“, бяха единствените думи, които изрече тя в медиите.
Ами само не видохме истината. А тя е доста различна от тази на Мутафчиева.